El 23 de julio de 2009 fue fundado el club afiliado a la Asociación de Fútbol del Distrito Capital (AFDC), Atlético Venezuela Club de Fútbol en la ciudad de Caracas por el Almirante Franklin Zeltzer, acompañado por Atilio Radomile y Franklin Zeltzer en la junta directiva.
Para su ingreso al fútbol profesional de Segunda División en los torneos de la Federación Venezolana de Fútbol (FVF), entró en el lugar que dejó el equipo UNEFA FC, quien cedió sus derechos a la naciente divisa para la temporada 2009-2010.
El primer partido que el club disputó en segunda bajo el nombre de Atlético Venezuela fue el 23 de agosto de 2009 en Cocodrilos Sport Park contra el Estrella Roja Fútbol Club, dónde El Atlético consiguió empatar el encuentro con un tanto anotado por el jugador Darwin Peralta al minuto 42.
Durante el Torneo Apertura 2009 de la Segunda División, La Raza Atlética alcanzó la novena casilla del torneo con un total de 16 juegos, 6 ganados, 6 empatados y 4 perdidos, 19 goles a favor y 13 goles en contra. El director técnico del equipo en este torneo fue Rodrigo Piñón. Antonio Steimbach, César Rincón y Darwin Peralta fueron los máximos anotadores del equipo en el Apertura 2009.
Para el Torneo Clausura 2010, Jesús Iglesias pasó a tomar las riendas del equipo convirtiéndose en el nuevo director técnico, llevando al equipo a Primera División. Su debut fue el 8 de agosto del 2010 ante Atlético El Vigía, dónde el resultado final fue 1-1 con un gol de Emilio Garcés. Este histórico compromiso fue disputado en el estadio Brígido Iriarte, en la ciudad de Caracas. Luego de 34 jornadas el equipo finalizó de penúltimo lugar de la tabla acumulado y perdió la categoría. El saldo final fue de 34 jugados, apenas 6 ganados, 5 empatados y 23 perdidos. Anotó 30 goles y recibió la cifra record de 83. Porteriormente, el equipo fue descendido a segunda división.
Para la temporada 2011-2012, el equipo tendría una nueva junta directiva encabezada por Rubén Villavicencio, quien asumió el compromiso con el club y contrató a José Hernández y a un grupo de jóvenes futbolistas. El primer objetivo trazado por el renovado Atlético Venezuela fue ocupar los primeros lugares de su grupo en el Torneo Apertura 2011 y ganar el derecho de jugar el Clausura 2012 que les permitiría luchar por el ascenso a la primera división. Tras luchas con sus nuevas armas, lograron todos los objetivos trazados y con una actuación extraordinaria, el equipo logró regresar a la división de honor.
Atlético Venezuela fue campeón en la temporada 2011-2012 en segunda división, marcando un record de 30 juegos consecutivos invictos.
En su regreso a primera división, La Raza Atlética consiguió el octavo lugar en la temporada 2012-2013 y consiguieron jugar su primera serie pre-sudamericana. Posteriormente, la temporada 2013-2014, Atlético Venezuela se trazó ir por más. En la tabla acumulada, el equipo finalizó en la novena posición con 47 unidades cosechadas y en su segunda serie pre-sudamericana consecutiva, enfrentó al Aragua FC que lo eliminó en una llave muy pareja de principio a fin.
En 2016, el equipo se consagró campeón de la Serie Oro tras ganarle al Deportivo Táchira, convirtiendose en campeones nacionales y clasificando a la Copa Libertadores Sub 20. El 1 de marzo de 2017, El Atlético derrotó al Club Deportivo Palestino 0-1 en el Estadio Nacional de Chile en su debut en el partido de ida de la primera fase de dicha competición.
Actualmente, el Atlético Venezuela C.F disputa sus partidos de local en el Estadio Brígido Iriarte, ubicado en pleno corazón de Caracas, Venezuela, en la urbanización El Paraíso. Su centro de entrenamiento está ubicado en Fuerte Tiuna, recinto donde las categorías menores disputan sus partidos.
